Zu Beginn des 12. Jahrhunderts finden sich erste urkundliche Spuren von Wermutshausen, welches damals der Familie Ebo aus Mergentheim gehörte. Einer der Söhne nannte sich von Erimbrechtshusen. Der Name kommt also nicht von der Wermutspflanze, die allerdings seit etwa 100 Jahren im Gemeindewappen zu sehen ist.

Das Gebiet um Wermutshausen ist aber schon seit über 2000 Jahren besiedelt, wie die Reste einer „Keltenschanze", vermutlich eines früheren keltischen Tempels oder Gutshofes, südostwärts von Wermutshausen belegen. In den folgenden Jahrhunderten kam der Ort zusammen mit Eberhardisbrunnen an die Hohenloher, später an das Geschlecht der Rosenberger.